祝贺实验室合作组装松江鲈鱼基因组并发表论文《Nanopore Sequencing and Hi-C Based De Novo Assembly of Trachidermus fasciatus Genome》
发布时间:2021-09-10   浏览次数:1141

        近日,南通大学解刚才教授与刘东实验室合作组装了狭皮鱼的参考基因组序列。

        松江鲈鱼是一种广泛分布于东亚沿海地区的粗皮鱼,环境破坏和过度捕捞导致该物种的急剧减少。研究通过纳米孔长读测序、Illumina短读测序和Hi-C方法对基因组进行了完整的组装,提供了染色体水平的高质量基因组组装,预测基因组大小为542.6 Mbp (2n = 40),scaffold N50 为24.9 Mbp,鉴定到蛋白编码基因19,147个,其中mRNA转录本35,093个,并鉴定出51(82)个新基因(转录本)。

        研究首次对狭皮鱼进行基因组测序组装,为该物种未来的研究,包括群体遗传学研究、家庭养殖和遗传资源保护等提供了基因组数据。



原文链接 https://www.mdpi.com/2073-4425/12/5/692